Nonostante una corretta e buona pulizia delle lenti a contatto morbide, possono comunque rimanere dei depositi di proteine che possono denaturare e agire come antigeni agli occhi.
Insieme ad una grande quantità di proteine aumenta il numero di batteri che potrebbero causare infezione.
Si consiglia pertanto di scegliere il materiale delle lenti meno soggetti a depositi. È auspicabile che la proteina depositata sia fisiologicamente compatibile con l'occhio. Le lenti a contatto devono essere sostituite più spesso, ideali le lenti usa e getta (giornaliere). Un'altra possibilità è la scelta di lenti a contatto rigide anziché morbide.